Parafia pw. Chrystusa Miłosiernego w Chojnicach została erygowana przez Ks. Biskupa Diecezjalnego prof. dr. hab. Jana Bernarda Szlagę w dniu 18 kwietnia 2004 r., w Niedzielę Miłosierdzia Bożego.
W roku powstania parafii, w dniach 16 – 17 września, odbyło się nawiedzenie obrazu Jezusa Miłosiernego. Pierwszy odpust parafialny w Niedzielę Miłosierdzia Bożego, 3 kwietnia 2005 r., sprawował Ks. Biskup Piotr Krupa. W 2005 roku, 30 września, pierwszą wizytację kanoniczną przeprowadził Ks. Biskup Diecezjalny Jan Bernard Szlaga. 5 października 2006 r. Ks. Biskup Ordynariusz przewodniczył uroczystości wprowadzenia relikwii św. siostry Faustyny, a 24 kwietnia 2008 r. poświęcił plac pod budowę kościoła. W dniach 15 – 22 marca 2009 r. odbyły się pierwsze misje parafialne.
Wraz z duszpasterstwem kontynuowane były prace budowlane. Dla dobrego funkcjonowania parafii koniecznością było wybudowanie plebanii. 18 maja 2005 r. parafia uzyskała pozwolenie na budowę domu parafialnego. W czerwcu 2007 roku częściowo nadawała się do zamieszkania. W kolejnym roku została całkowicie wykończona wewnątrz. Plebanię poświęcił Ks. Biskup Ordynariusz 4 stycznia 2009 r. w ramach kolędy dekanalnej. W międzyczasie trwały prace związane z przygotowaniem projektu kościoła parafialnego, który zatwierdził Ks. Biskup Diecezjalny Jan Bernard Szlaga w dniu 20 sierpnia 2008 r. Pozwolenie na budowę kościoła uzyskano 10 lutego 2009 r. Prace budowlane rozpoczęły się 20 marca 2009 r. w czasie trwania misji parafialnych. W następnym roku, w dniu odpustu parafialnego, 11 kwietnia, Biskup Pelpliński Jan Bernard Szlaga dokonał uroczystego wmurowania kamienia węgielnego, który pobłogosławił Jan Paweł II podczas wizyty w Pelplinie.
Znaczącym wydarzeniem w historii parafii była pierwsza Msza św. w nowo wybudowanym kościele, której przewodniczył w dniu 28 października 2017 r. Ks. Biskup Diecezjalny Ryszard Kasyna. Pobłogosławił świątynię i od tego dnia wspólnota parafialna gromadzi się w niej na liturgii. Jednocześnie trwają prace przy jej wykończeniu.
Szczególnym miejscem na terenie parafii jest tzw. Dolina Śmierci, gdzie co roku, na początku września, pod przewodnictwem pasterzy diecezji, jest sprawowana Msza św. w intencji tam pomordowanych i ofiar II wojny światowej.
ks. Jarosław Burandt